1989年、本学は極東国立総合大学（現極東連邦総合大学）と学術交流協定を締結し、1990年より教員の総合交流が開始され、1994年「オホーツクヴィジョン共同研究」に調印した。1992年に、極東国立総合大学よりロシア語教員が本学札幌校舎でロシア語教員として就任（２年間）し、計５年間の教員交流が実施された。平成元年、本学の海洋調査実習船「望星丸」がウラジオストクに寄港した事が発端となり、1991年のウラジオストクで初めてとなる第３回「アジア・環太平洋学長研究所長会議」が極東国立大学（当時）と本学で共同開催された。
学生の交流に関しては、学術協力協定に基づき2007年より本学の別科日本語研修課程で１セメスター極東からの学生を受け入れ、日本語・日本文化を学ぶプログラムを実施している。2005年には、日露修好１５０周年記念事業として、「ウラジオストク演武会」が開催され、本学教職員、学生が柔道・剣道・居合・空手道等の武道を紹介した。2010年には、本学が幹事校となり、「北東アジア学生フォーラム」を開催、その後拡大・発展して継続されている。

1972年、本学の創立者松前重義博士がモスクワ大学から日本と旧ソビエト連邦の学術交流への功績に対して名誉教授と名誉博士の称号が授与された事がきっかけとなり、交流が始まる。同年には、第一回「太平洋水産増殖に関する日ソ合同シンポジウム」を共催し、それ以外にも様々な共同事業を行った。
1973年には、日本と旧ソ連の大学で初となる学術交流協定を締結し、翌年モスクワ国立大学から第1期留学生７名を迎えた。以後、交換留学は継続しており、モスクワ大学からは、長期プログラム生（10名x10ヶ月）として日本語教育特別講座にて日本語を学んでいる。本学からは、短期（１ヶ月/2単位）、長期（10ヶ月/８単位）プログラムに分けて、派遣し、モスクワ国立大学でロシア語を学習し、2013年までに合計1000名を超える学生がこのプログラムに参加した。
2014年には、両大学間で理工分野での交流事業覚書が調印され、本学の理工学部とモスクワ国立大学の物理学部をとの交流を中心に、ダブルディグリープログラムに関して合意がなされた。

2009年以降、経済学、政治学、東洋学の分野で共同研究を行い、教員・研究者間の交流が活発に行われてきた。2016年には高等経済学院ヤロスラフ・クズミロフ学長と本学山田清志学長が学術交流協定締結に向けて交渉を開始することで合意し、2017年に締結に至った。英語によるサマースクール、ウインタースクールや短期研修プログラムへの学生派遣を想定して準備を行っている。

現在、国立極東総合医科大学との交流実績はない。本事業の枠組みの中で交流を行う予定である。

2017年、本学の代表団がサハリン国立総合大学を訪問し、学術交流協定の締結に向けた交渉を開始。2018年、ビクトル・コルスノフ国際部長が来日し学術交流協定を締結した。2021年には、本学の海洋調査実習船「望星丸」によるサハリン訪問を実施予定。